Articulos comentados

 

"El hecho de que cuanto más  profundizas en las actividades de investigación  de lxs coronavirólogxs  en los últimos 15-20 años, más consciente eres de que crear quimeras como el CoV2 era algo común en sus laboratorios. Y el SARS CoV2 es obvio que es una quimera (aunque no necesariamente una producida en laboratorio), basada en la cepa ancestral de murciélago RaTG13, en la que la secuencia de unión fisica al receptor (RBM) en su proteína espiga es reemplazada por el RBM de una cepa de pangolín, y además, una secuencia muy pequeña pero especial de 4 aminoácidos insertada, que crea un sitio de escision para la furina que, como lxs virólogxs han establecido previamente, expande significativamente el "repertorio" del virus en lo que respecta a qué células  de qué  tipo de organismo puede penetrar. Muy probablemente, fué gracias a este nuevo sitio para la furina que el nuevo mutante consiguió  saltar especie de su huésped original a humanos."

 

Yuri Deigin nos cuenta cómo  este tipo de manipulaciones genéticas  ya se estaban realizando desde hace mucho tiempo, en el caso concreto de la ya más famosa viróloga del mundo, Zi Sheng Li del ya también  famoso Insitutuo de Virología de Wuhan (IVW), tan temprano como 2007 y en 2017 con financiación institucional estadounidense:

 

 "Ciertamente, lxs virólogxs, incluyendo a la líder del grupo investigador en coronavirus, Shi Zhengli, han hecho cosas muy similares en el pasado - reemplazar el RBM de un tipo de virus por el RBM de otro, o añadir un nuevo sitio de escision para furina que pueda proporcionar a una especie específica de coronavirus la habilidad de poder empezar a utilizar el mismo receptor (p.ej. el ACE2) en otras especies. De hecho, el grupo de Shi Zhengli estaba creando constructos quiméricos tan pronto como 2007 y tan recientemente como 2017, cuando crearon 8 nuevos coronavirus quiméricos  completos con varios RBMs. En 2019 tal trabajo estaba en pleno apogeo, ya que el IVW era parte de una beca de 3.7 millones $ de los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) de EEUU titulada "Comprendiendo el Riesgo de Emergencia de Coronavirus de Murciélagos". Bajo sus auspicios, Shi Zhengli fué co autora en 2019 de un artículo en el que reclamaba continuar las investigaciones con virus sintéticos  y testarlos in vivo y in vitro: 'Actualmente, no se disponen de tratamientos clínicos o de estrategias de prevención para ningún coronavirus humano... se están  desarrollando algunas estrategias anti-SARS-CoV como  anticuerpos anti-RBD o vacunas basadas en los RBD que se deberían testar contra los SARSr-CoVs de los murciélagos...

Sigue la cita del parrafo, donde Shi Zhengli describe como estas estrategias de desarrollar anticuerpos contra diferentes proteínas  de estos virus funcionaban solo para cepas concretas  y no para otras y que...

'Más  aún, se sabe poco acerca de la replicación y patogénesis  de esos virus de murciélagos. Por ello, los futuros trabajos deberían focalizarse en las propiedades biológicas  de estos virus utilizando aislamiento de virus, genética  inversa y ensayos de infección in vitro e in vivo. Los datos resultantes ayudarían en la prevención y el control of enfermedades emergentes tipo SARS o tipo MERS en el futuro.'

 

 SARSr-CoVs que hace referencia a coronavirus de murciélagos con capacidad de producir SARS o síndrome respiratorio agudo severo.

 A continuación, Yuri Deigin comenta en su artículo  un término que le interesa resaltar, el de genetica inversa...¿qué significa? Para aclararlo recurre a un párrafo del documento de concesión de la beca en cuestión:

 

"Si la cita arriba mencionada puede parecer una vaguedad acerca de lo que 'utilizar genética inversa' puede significar, la  misma beca de los NIH nos lo aclara:

'Objetivo 3. La caracterización  in vitro e in vivo de los riesgos de salto interespecie de SARSr-CoVs, conjuntamente con análisis espaciales y filogenéticos  para identificar las regiones de los virus más preocupantes para la salud pública.  Utilizaremos datos de la secuencia de la proteína S, tecnologia de clonacion infecciosa, experimentos de infección  in vitro e in vivo y análisis de unión a receptor para probar la hipótesis de que unos umbrales de % de divergencia en las secuencias de la proteina S predicen el potencial para el salto interespecie.'

“Tecnología de clonación infecciosa” quiere decir crear clones de virus vivos sintéticos. Considerando los niveles de experiencia de usuario y de automatismo que las herramientas de la ingeniería  genética han alcanzado, crear un CoV2 sintético vía la metodología arriba mencionada estaría al alcance de incluso cualquier estudiante de grado.

 

Antes de bucear en los orígenes de SARSCoV2 el autor nos acerca a la biología  del mismo.

Las espigas que le dan al coronavirus su nombre contienen el sitio de unión  al receptor de la celula para entrar (el RBD).

 

La proteína  espiga, la proteína S, también  determina qué animales el virus puede o no infectar, ya que los receptores ACE2 (u otras dianas para otros virus) en diferentes especies puede diferir en la estructura. Consta de 2 subunidades, la S1 y la S2. Es la S1 la que interactúa con el receptor ACE2, y el lugar donde S1 lo hace se llama Receptor Binding Domain (RBD) osea Dominio de Unión al Receptor, mientras que el área de contacto directo, el meollo de la cuestión, se llama Receptor Binding Motif (RBM) o Secuencia de Unión al Receptor.

Cuando el genoma de CoV2 se acababa de secuenciar y se había puesto a disposición pública el 10 de Enero, 2020, fué un enigma, ya que no se conocían cepas cercanas relacionadas. Pero bastante rápidamente, el 23 de Enero, Shi Zhengli dió  a conocer un artículo  indicando que CoV2 es en un 96% idéntico  a RaTG13, una cepa que su laboratorio había aislado previamente de murciélagos de Yunnan  en 2013. Sin embargo, fuera de su laboratorio, nadie supo de esa cepa hasta Enero 2020.

 

A continuacion una ilustracion nos revela la similitud comparada con el SARS CoV2 y otros SARSrCoV de humanos y murcielagos: solo el RaTG13 se parece al primero en la region de la ya famosa proteina S. 

El siguente relato Covid19 tiene que ver con un probable huesped intermedio, un animal, que de no ser por esta crisis quiza nunca habriamos oido hablar de el: el pangolin. Por que aparece en el escenario? Yuri Deigin nos lo explica:

 

"En Febrero, otro grupo de cientificxs chinos descubrieron una peculiar cepa de coronavirus de pangolin en su posesion, la cual, aunque generalmente solo era un 90% similar al SARSCoV2, en la region RBM era casi identica, con solo un simple aminoacido de diferencia. Sorprendentemente, en el primer cuarto de la proteina S, la cepa de pangolin difiere bastante de SARSCoV2, pero despues de la region RBM las 3 cepas (CoV2, Pangolin, RaTG13) exhiben un shared alto grado de similitud. Todavia mas chocante, la RBM del mismo RaTG13 es bastante diferente de la del SARSCoV2... esta observacion se confirma  por el analisis filogenetico de las 3 areas remarcadas en el grafico  — en la RBM, la cepa de pangolin esta mas cercana al SARSCoV2 que la de RaTG13, pero es la RaTG13 la que esta mas cerca del SARSCoV2 a la izquierda y a la derecha de la region RBM. Asi que hay una obvia recombinacion, como concluyen lxs autorxs y otros articulos.

 

A continuación Yuri Deigin nos cuenta la historia de los pangolines y cómo entraron en el escenario de la virología china y de Hong Kong:


"¿Como encontraron lxs investigadorxs los pangolines? Fueron confiscados por el servicio aduanero chino a contrabandistas y transferidos a un centro de rehabilitación animal en Guandong, mientras exhibían síntomas severos por coronavirus. Esto, claro está, debió de atraer la atención de lxs virologxs locales, que tomaron varias muestras:
(cita textual del párrafo)
Esos pangolines atrajeron la atención de otrxs virólogxs también. Por ejemplo, un equipo de Hong Kong también recibió muestras de pangolines confiscados y en Febrero de 2020 también  dieron a conocer un artículo en el que hacían notar claros signos de recombinación en la proteína espiga del SARSCoV2:


(traducción literal de una parte del texto): (se abreviará coronavirus de murcielago como CoVm para acortar y los coronaviruses de los pangolines como CoVp).


'Lo mas llamativo, no obstante, fue la observación de signos de recombinación entre los CoVp , el CoVm RaTG13, y el humano 2019-CoV2 (Figura 1c, d). En particular, 2019-CoV2 exhibe una similitud de secuencia muy alta a los CoVp de Guangdong en el dominio de unión al receptor (RBD; 97.4% de similitud en los aminoácidos; indicados por la flecha roja en la Figura 1c y Figura 2a), incluso aunque está más cercanamente relacionado al CoVm RaTG13 en el resto del genoma viral. El CoVm RaTG 13 y el humano 2019-CoV2 solo tienen un 89.2% de similitud en los aminoácidos  del RBD. Ciertamente, los CoVp y el 2019-CoV2 poseen idénticos  aminoácidos  en los 5 residuos críticos  del RBD, mientras que el RaTG13 sólo  comparte 1 aminoácido con el 2019-CoV2 (residuo 442, en la numeración del SARS-CoV humano).'

 

Yuri Deigin comenta lo extraño  de la similitud de las 2 áreas RBM entre el SAARASCoV2 y el CoV del pangolín  (recordemos que el RBM es la secuencia que se une físicamente al receptor de la celula) y sin embargo es el CoVm RaTG13 el que más semejanza tiene con el SARSCoV2 en el resto del genoma y no el CoVp, o dicho de otra manera: dos virus que no guardan mucha semejanza, son  idénticos  en la secuencia de union al receptor celular

 

"Lxs autorxs aventuran una conjetura que esto puede ser el resultado de  evolución  convergente, en otras palabras, que el SARS CoV2 y la cepa de CoVp  llegaron a poseer idénticas RBMs cada uno por su camino, más  que por recombinación entre ancestros comunes. Porque eso hubiera requerido un evento recombinante bastante singular  — como si alguien le cortara un segmento preciso RBM  de una cepa de pangolín y la usara para reemplazar la RBM en el RaTG13. ¡Hablen Vds de Diseño Inteligente!"

 

Yuri Deigin sigue indagando en la real genealogía  como la llama él, de esta Diabólica Trinidad: SARSCoV2, RaTG13 y el CoVp denominado MP789, al que llamaremos CoVp2019, analizando las secuencias de las proteínas espiga:

 

 

"También es interesante ver una mutación idéntica bastante singular (QTQTNS) en el RaTG13 y el CoV pangolin-2019 justo enfrente del punto donde SARS CoV2 tiene un nuevo sitio de escision de la furina. Ese sitio para la furina, como ya mencioné, surgió vía inserción de 4 new aminoácidos (PRRA). Si miramos la secuencia de nucleótidos alrededor de esta inserción, podemos ver que el RaTG13 y el CoV2 están más cerca el uno del otro en esa área que al CoV pangolin-2019, ya que poseen varias mutaciones comunes (remarcadas en azul):"


Y en relacion a otras 2 secuencias geneticas del SARSCoV2:

 


"Por cierto, Orf1ab también es un lío filogenético en SARSCoV2: 1a está más cerca del RaTG13, pero 1b está más cerca del CoV pangolin-2019:
¿Quiere esto decir que el antecesor del SARSCoV2 se cruzó con el antecesor común del CoVpangolin-19 al menos 2 veces? Primero, cuando (junto con un antecesor común del RaTG13) heredó Orf1ab y la segunda mitad de la proteína espiga con la mutación QTQTNS, y por segunda vez cuando adquirió 1b y RBM, las cuales difieren del RaTG13. Todo esto es ciertamente posible en la naturaleza — después de todo, estos virus mutan y se recombinan constantemente. Otra cuestión es donde exactamente los virus de murciélago y pangolín tienen más probabilidad de encontrarse los unos a los otros para tales orgías — en cuevas de montañas, mercados de animales vivos, en refugios para animales confiscados, o incluso en laboratorios. Pero ahora dejemos estas cuestions a un lado de momento. Primero, hablemos de lo que es con diferencia el aspecto del nuevo virus que más llama la atención — una inserción de aminoácidos que lo convirtió en un asesino natural de nacimiento."


Yuri Deigin pasa ahora a comentar a que se refiere con "asesino natural de nacimiento" y explica que es y el alcance del sitio de escision de la furina.

 

Titula el parrafo


"El intro asesino Es imposible ignorar la introduccion de una insercion PRRA entre S1 y S2: despunta como una astilla...

 

La proteina consiste de dos partes, S1 y S2, de las cuales S1 es responsable del primer contacto con el receptor (recordemos Receptor Binding Domain, osea Dominio de Union al Receptor / Motif o Secuencia), y S2 es la responsable de la fusion con la membrana celular y la penetracion en  celula. El proceso de fusion lo inicia el peptido de fusion marcado en amarillo, pero para que pueda hacer su trabajo sucio alguien tiene que cortar la proteína S en uno de los sitios marcados por diamantes en el diagrama de arriba. El virus no tiene sus propias “tijeras”, así que depende de varias proteasas de sus víctimas. Hay varios tipos de tales proteasas, como se deduce de la abundancia de colores de esos diamantes. Pero no todas las proteasas son iguales, y no todos los tipos de células tienen las proteasas que los virus necesitan.
La furina es una de las más efectivas, y se encuentra no solo en la superficie de las células, sino también dentro. Para mayor claridad, el peligro del nuevo sitio para la furina lo demuestra la diferencia entre SARSCoV2 y su abuelo, SARS-CoV:

 

ver esquema

 

Como se puede ver en el diagrama, en el caso del SARSCoV2, gracias al sitio para la furina, no hay dos, sino tres clases de proteasas (tres pokemon de color) las que pueden cortar su proteína S fuera de la célula. Pero quizás la diferencia más importante es que la furina también está presente dentro de la célula, así que puede cortar la proteína S inmediatamente después del ensamblaje del virión, proporcionando por tanto a los nuevos viriones con la habilidad de unirse a nuevas células recién salidas del murciélago.

La importancia del nuevo sitio para la furina en la virulencia del SARSCoV2 se demostró  recientemente en un estudio en hámsters donde la desaparición del sitio para la furina (debido a una mutación) disminuyó enormemente la patogenicidad y la habilidad de replicación del SARSCoV2:

 

 La función de la furina en la patogenicidad del SARSCoV2 podría ir más allá de los efectos descritos. En un artículo publicado, lxs autorxs describen en la introducción:

" La plasmina, y otras proteasas, pueden escindir por un nuevo sitio de furina insertado en la proteína S del SARS-CoV-2, extracelularmente, lo cual incrementa su infectividad y virulencia."


Prosigue Yuri Deigin ahondando en como "la furina corta las proteínas por sitios estrictamente definidos, concretamente después de una secuencia RxxR (osea Arg-x-x-Arg, donde x puede ser cualquier aminoácido). Más aún, si la arginina (Arg) también está en la segunda o tercera posición (RRxR o RxRR) la eficiencia del clivaje aumenta significativamente. Por tanto, la aparición de un nuevo sitio de escision para la furina se notó inmediatamente ya que ninguno de los parientes más cercanos o distantes del SARSCoV2 tienen tal sitio - y los CoVs que lo tienen solo comparten un 40 % de su genoma con SARSCoV2.

Se descubrio que toda espiga con una  homologia en la secuencia de la espiga del SARS-CoV-2  mayor del  40%  no tenian sitio de escision de furina  (Figura 1, Tabla 1), incluyendo CoVm RaTG13 y SARS-CoV (con una identidad en la secuencia del 97.4% y el 78.6%, respectivamente). El FCS o sitio de escision de la furina, de ahora en adelante en el texto,  "RRAR" en el SARS-CoV-2 es único en su familia, y se traduce por su inserción única de "PRRA".

 Es improbable que el FCS del SARS-CoV-2 haya evolucionado desde el MERS, HCoV-HKU1, etc. De las secuencias actualmente disponibles en las bases de datos, nos resulta difícil encontrar la fuente. Quizás todavía haya muchas secuencias evolutivas intermedias esperando a ser descubiertas. 

Aquí tenemos una gran ilustración del artículo que es la fuente original de la cita arriba mencionada. Los coronavirus con un sitio para la furina están marcados en rosa, se muestran 3 cepas diferentes de Cov2 a las 10.

 

El pariente más cercano con un sitio para la furina es la cepa HKU5, aíslada por el equipo de Shi Zhengli en 2014 en Guangzhou de murciélagos del género Pipistrellus (añadido al GenBank en 2018). Pero es un pariente muy distante — su proteína espiga solo comparte el 36%.
Asi que lxs virologxs estan confundidxs. ¿De dónde ha salido esta inserción de 12 nucleótidos? ¿Podría haberse hecho en el laboratorio? Bien, lxs virólogxs han estudiado los sitios para la furina en coronavirus durante décadas, y han introducido muchos sitios artificiales en laboratorios. Por ejemplo, un equipo americano insertó RRSRR en la proteína espiga del primer SARS-CoV ya en 2006:

cita párrafo 


Y lxs japanesxs han insertado un sitio similar (RRKR) en la proteína del SARS-CoV en 2008, aunque un poco más corriente abajo que en el SARS CoV2: cita esquema
En 2009, otro grupo tambien trabajaba en “mejorar” SARS-CoV y, continuando la tradición Americana de no escatimar en argininas, insertaron hasta 4 de ellas (RRSRR)

cita párrafo 


PEKÍN 2019


Pero el trabajo mas reciente de este tipo que me he encontrado fue un artículo de Octubre de 2019 donde varios laboratorios de Pekín, donde se insertó un nuevo sitio RRKR para la furina ya no simplemente en algún tipo de pseudovirus, sino en un coronavirus vivo de pollo de hecho, el virus de la bronquitis infecciosa (IBV):

cita esquema


Una interesante nota al margen es que, como apuntan lxs autorxs, la adición de un sitio para la furina le permite al virus mutante infectar células nerviosas. Quizás el sitio para la furina del SARSCoV2 es la razón de por qué algunos pacientes con SARS CoV2 exhiben síntomas neurológicos, incluyendo pérdida de olfato: 
"En resumen, nuestros resultados demuestran que el FCS corriente arriba de FP en la proteína S es un sitio importante para SARS CoV, modulando la entrada, la fusión célula –virus, la adaptación a su célula huésped , el tropismo celular y la patogenicidad, pero no la antigenicidad."


Para ser claros, muchos coronavirus tienen sitios para la furina de forma natural, y son muy diversos. Obviamente, pueden aparecer como resultado mutaciones al azar. Esto fué lo que ocurrió en el caso del MERSCoV, tal y como apuntó en 2015 un equipo internacional de autorxs, incluyendo a Shi Zhengli y Ralph Baric, dos estrellas de la coronavirusología de síntesis . Volveremos a ellxs muchas veces, pero por ahora, unas pocas palabras acerca de ese artículo. En él lxs autorxs han demostrado que simplemente dos mutaciones permitieron al MERSCoV saltar de los murciélagos a los humanos, y una de esas mutaciones creó un sitio para la furina. Aunque no fué una inserción de nuevos aminoácidos, sino una mutación de uno ya existente (marcado en rojo abajo a la izquierda): cita esquema
Lxs autorxs no se limitaron simplemente a demostrar esto, sino que de hecho introdujeron estas mutaciones de vuelta a la cepa original de murciélago: crearon el mismo sitio para la furina y demostraron que le permite a la cepa de murciélago infectar células humanas:

cita párrafo 


Por cierto, cómo lo hicieron podría asustar a quienes no estén familiarizados con la moderna biotecnología — porque lxs autorxs insertaron la proteína espiga-like del coronavirus en VIH inactivado:

cita párrafo 


Quizás esto fué lo que llevó a investigadorxs de La India a buscar secuencias similares al VIH en el genoma del SARS CoV2 (pero la preimpresión fué rápidamente criticada por mala metodología y conclusiones erróneas). De hecho, lxs expertxs usan tales pseudovirus de forma habitual, y en general, a nadie le deberían asustar los retrovirus como clase — su subespecie de lentivirus se ha estado utilizando como terapia génica durante muchos años.


¿DE DONDE VINO EL RaTG13


Yuri Deigin pasa a analizar al pariente mas cercano del SARSCoV2...


"El RaTG13 es una cepa muy inusual. Resulta extraño ver que el grupo de Shi Zhengli estuviera callado acerca de ella todos estos años. Despues de todo, es muy diferente de sus hermanos tipo SARS, especialmente en la proteína espiga, que es precisamente la que determina qué tipos de células (y qué animales) puede infectar este virus. Aquí se representa un gráfico de similitud de genoma del SARS CoV2 comparado con otros coronavirus de murciélagos (panel B):
Asi que ¿de donde vino el RaTG13? Como ya mencioné, en 2020 Shi Zhengli informó que lo había aislado en 2013 de los murciélagos de Yunnan (de Rhinolophus affinis, no el usual sospechoso R. sinicus). Pero hasta enero de 2020, la existencia de esta cepa no era conocida, y aqui tenemos como el grupo de Shi Zhengli describió su descubrimiento acerca de la similitud de RaTG13 a SARS CoV2:


'Entonces encontramos que una región corta de polimerasa ARN-dependiente (RdRp) de un CoVm (CoVm RaTG13) — que se había detectado previamente en Rhinolophus affinis de la provincia de Yunnan — mostraba identidad de secuencia alta con el 2019-CoV2. Llevamos a cabo secuenciación completa en esta muestra de ARN (número de acceso GISAID EPI_ISL_402131). Simplot análisis mostró que el 2019-CoV2 era altamente similar por todo el genoma al RaTG13 (Fig. 1c), con una identidad media de secuencia en el genoma del 96.2%.'


No hay muchos detalles: detectado previamente, y eso es todo. Más aún, la cita parece implicar que hasta 2020, solo secuenciaron parte de su genoma, el gen RdRp (que es parte de Orf1b que precede al gen de la proteína espiga). Vale, pero ¿donde exactamente en Yunnan se obtuvo? El artículo no lo menciona, y el GenBank tampoco. No obstante, la entrada de GISAID parece tener un poco más de información: recolectado en la Ciudad de Pu’er de una exudado fecal de un murciélago macho:

copia del documento


Esto me sonaba, ya que en mis búsquedas por Pubmed, ya me había encontrado una expedición a Pu’er en el verano de 2013:

cita de párrafo con mapa


Lxs investigadorxs no anunciaron nada de particular interés para nosotrxs de esa expedición, pero ¿quizá fué entonces cuando Shi Zhengli o alguien de su grupo obtuvo la muestra del RaTG13? El cual secuenciaron sólo parcialmente, y por alguna razón decidieron no publicarlo, aunque era muy diferente de nada que se hubiera publicado antes.
Por cierto, Shi Zhengli pudo muy bien haber participado personalmente en esa expedición, ya que expresó gran apego cuando los describía — por ejemplo, en su charla TED-like talk en 2018, donde mostró fotos personales de tales expediciones:

vídeo 


Más aún, fué una serie de exactamente tales expediciones las que le trajeron a Shi Zhengli fama mundial y el apodo de “Batwoman”: en un artículo de 2013 en "Nature", su grupo anunció triunfante que en las cuevas de Yunnan habían descubierto murciélagos portadores de las cepas RsSHC014 y Rs3367 que coincidían con el primer SARS-CoV en un 85% y 96%, respectivamente.
Resulta ser bastante coincidencia que por las mismas fechas en Yunnan, el grupo de Shi Zhengli también descubrió el RaTG13, la cepa mas cercana al SARS CoV2, y los dos también comparten el 96% de sus genomas.

 

 

UPD: ¿Es el RaTG13 el mismo que RaBtCoV/4991?


[ACTUALIZADO] Despues de publicar este post, fuí dirigido a esta preimpresión que alega que el RaTG13 es, de hecho, RaBtCoV/4991 (KP876546), sobre cuyo descubrimiento Shi Zhengli había informado previamente en una mina abandonada en Yunnan en 2013. Desde luego hay varias razones para pensar asi. La primera y principal, que la única secuencia publicada del RaBtCoV/4991 es 100% idéntica a la del RaTG13 a nivel de nucleótidos, aún siendo simplemente un tramo de 370-pb del gen RdRp:

esquema


Segundo, los detalles sobre la recolección de estas dos cepas son casi idénticas: ambas fueron recogidas en julio de 2013 de un exudado fecal de murciélagos R. affinis:


detalles verificados de las localidades


Es extraño que en su artículo de 2020 sobre el RaTG13 Shi Zhengli no menciona al RaBtCoV/4991 ni cita su artículo de 2016 sobre su descubrimiento, en el cual era nombrada como la que “diseñó y coordinó el estudio”. Y no era como que el RaBtCoV/4991 se le había olvidado a su grupo, ya que lo mencionan en su artículo de 2019, donde aparece incluido en un árbol filogenético de otros coronavirus:

texto y esquema


Dudo que determinar el lugar del RaBtCoV/4991 en ese arbol se basara solo en un fragmento de 370-pb , asi que me inclino a pensar que ya en 2019, el grupo de Shi Zhengli habria secuenciado su genoma entero.
De forma intrigante, los genomas tanto del pangolín-2017 y del pangolín-2019 están también muy cercanos en este tramo del gen RdRp, y el de SARS CoV2 y el del pangolin-2019 comparten unas pocas mutaciones en común que no se encuentran en el RaTG13:

esquemas


Pero dejemos a un lado este tema por ahora y volvamos a la historia del famoso artículo de 2013 en "Nature" de Shi Zhengli.

 

“Wuhan-1”


En ese artículo, el grupo de Shi Zhengli también informó que cultivando las muestras aisladas en células de mono Vero, consiguieron aislar un virus vivo que era casi idéntico a la cepa del Rs3367 (recordemos, encontrado en Yunnan y que tenía una similitud del 96% con el primer SARSCoV). Lxs autorxs llamaron a su creacion WIV1 (donde WIV es Wuhan Institute of Virology).

esquema

Yuri Deigin ahora compara el RaTG13, el Rs3367 y el RsSHC014: imagen de las secuencias de nucleótidos:


"Como podemos ver, las proteínas espiga de esas cepas no solo son 13 amino ácidos más cortas que la del RaTG13, sino que también difieren en el primer cuarto de la proteina bastante sustancialmente. Por cierto, es curioso que las proteínas espiga del Rs3367 (osea WIV1,que tenía una similitud del 96% con el primer SARSCoV) y la del RsSCH014 similitud del 96% con el actual SARSCoV2 son casi idénticas, y difieren solo en la región RBD (secuencia abajo a la derecha). Casi como el SARS CoV2 y el RaTG13 (sin contar la inserción de la furina):"


imagen de las secuencias de nucleótidos 

 

 

"¿Podrían entonces lxs investigadorxs, habiendo recibido muestras de coronavirus de los pangolines que fueron interceptados por aduanas en marzo de 2019, haber querido comprobar si el RBM en las cepas de pangolín se unían al receptor humano ACE2 ? Y ¿podrían tales investigadorxs haber decidido echar un sitio para la furina extra en la mezcla?
Teóricamente, claro que podrían. Desde un punto de vista técnico, es casi rutina para lxs virólogxs llevar a cabo tales experimentos. Una pregunta razonable podria ser: ¿por qué utilizar el RaTG13 como molde, y no, digamos, el verdadero y ya probado WIV1? Bien, no tiene que ser alguno de los dos -o: quizá una quimera con el WIV1 se probó también. pero en paralelo, pudieran haber decidido simular la recombinación del virus del pangolín con la cepa de murciélago más cercana a él — después de todo, el RaTG13 esta más cerca a las cepas de que el WIV1: su proteína espiga esta más cerca de ellos tanto filogenéticamente como estructuralmente — incluso es igual de largo, mientras que las proteínas del WIV1/Rs3367 y del RsSHC014 son 13 amino ácidos más cortas. Además, la mutación QTQTNS común al RaTG13 y al pangolín-2019 (MP789) justo antes del sitio de la proteasa no le podía haber pasado desapercibida a lxs expertxs en coronavirus."

 



Tras llevarnos por los anales de la arqueología viral, Yuri Deigin nos introduce ahora en el mundo de la ingeniería viral con los virus quiméricos creados literalmente transplantando areas clave de la proteína espiga entre especies y los experimentos de ganancia de función (GOF).

Ir al a la página Yuri Deigin en esta sección dedicada al Covid19.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Se trata de un artículo técnico comentado por su autor con aclaraciones por él mismo. Se atiene al rigor científico y en ningún momento hace una asertación que no sea comprobable. Al contrario que en el anterior artículo, donde lxs autorxs hacen alguna afirmación divagante y confusa que otra como cuando hablan del posible lapso temporal en la divergencia de los linajes evolutivos de dos virus.
Dada la gran extensión de este artículo se ruega paciencia...

Este artículo describe los métodos empleados para rastrear diferentes linajes de coronavirus y como se pueden interpretar evolutivamente.

Analicemos los párrafos  resumen donde lxs autorxs interpretan sus resultados:

 

"SARS-CoV-2 itself is not a recombinant of any sarbecoviruses detected to date."

Empieza aclarando que el SARSCoV2 en sí  mismo no es ningún recombinante de ningún  sarbecovirus (un subgénero de coronavirus) detectado hasta la fecha.

 

"Zhou et al.2 concluded from the genetic proximity of SARS-CoV-2 to RaTG13 that a bat origin for the current COVID-19 outbreak is probable."

 Basándose en la proximidad genética del SARS-CoV-2 con otro cov de murciélago, el RaTG13 deducen que el origen del actual brote COVID-19 en los murciélagos es probable.

 

"Concurrent evidence also proposed pangolins as a potential intermediate species for SARS-CoV-2 emergence and suggested them as a potential reservoir species." 

 La evidencia existente propone a los pangolines como especie intermedia para la aparición  del  SARS-CoV-2 y los sugirió como especie reservorio.

 

Refiriéndose a la similitud genética  con los cov de murciélagos:

"This provides compelling support for the SARS-CoV-2 lineage being the consequence of a direct or nearly-direct zoonotic jump from bats, because the key ACE2-binding residues were present in viruses circulating in bats."

Esto supone un apoyo indiscutible para la teoría de que el linaje del SARS-CoV-2 es una consecuencia directa o casi directa de un salto zoonótico desde los murcielagos, porque los residuos clave de unión al receptor ACE-2 estaban presentes en virus que circulaban en murciélagos.

 

Sin embargo hay una secuencia de genes en los que estos 2 cov difieren en distancia genética:

"RaTG13 has acquired this region from a more divergent and undetected bat lineage. The genetic distances between SARS-CoV-2 and RaTG13 (bottom) demonstrate that their relationship is consistent across all regions except for the variable loop."

RaTG13 ha adquirido esta región  de un linaje no detectado y más divergente. Las distancias genéticas entre SARS-CoV-2 y RaTG13 demuestran que su relación es consistente por todas las regiones menos el bucle variable.

 

"Of importance for future spillover events is the appreciation that SARS-CoV-2 has emerged from the same horseshoe bat subgenus that harbours SARS-like coronaviruses..."

Es importante de cara a futuros pases a humanos tener en cuenta que el SARS-CoV-2 han emergido del mismo subgénero de murciélagos Rhinolopus que albergan cov tipo SARS...

 

A continuación, lxs autorxs justifican la necesidad de seguir estudiando estos cov de murciélagos:

"Another similarity between SARS-CoV and SARS-CoV-2 is their divergence time (40–70 years ago) from currently known extant bat virus lineages (Fig. 5). This long divergence period suggests there are unsampled virus lineages circulating in horseshoe bats that have zoonotic potential due to the ancestral position of the human-adapted contact residues in the SARS-CoV-2 RBD. Without better sampling, however, it is impossible to estimate whether or how many of these additional lineages exist."

 

Otra similitud entre (los linajes?) de SARS-CoV y SARS-CoV-2 es su tiempo de divergencia (hace 40-70 a) de linajes de virus de murciélagos hoy extintos. Este largo período de divergencia sugiere que hay linajes de virus no muestreados circulando en murciélagos  Rhinolopus que tienen potencial zoonótico debido a la posición  ancestral de los residuos de contacto adaptados a humanos en el dominio de unión  al receptor (RBD) del SARS-CoV-2. No obstante, sin un mejor muestreo es imposible estimar si o cuantos de esos linajes adicionales existen.

 

SIN EMBARGO HAY UN HALLAZGO PARA EL QUE, DE MOMENTO, NO HAN ENCONTRADO EXPLICACIÓN:

"Although the human ACE2-compatible RBD was very likely to have been present in a bat sarbecovirus lineage that ultimately led to SARS-CoV-2, this RBD sequence has hitherto been found in only a few pangolin viruses. Furthermore, the other key feature thought to be instrumental in the ability of SARS-CoV-2 to infect humans—a polybasic cleavage site insertion in the S protein—has not yet been seen in another close bat relative of the SARS-CoV-2 virus."

Aunque el RBD al ACE2 humano es muy probable que estuviera presente en un linaje de sarbecovirus de murciélagos que condujo al final al SARS-CoV-2, esta secuencia del RBD solo se ha encontrado hasta la fecha en algunos virus de pangolín. Más aún, el otro detalle clave que se considera instrumental en la habilidad del SARS-CoV-2 de infectar humanos - una inserción polibásica en el sitio de clivaje en la proteina S - no se ha encontrado todavía en otro pariente cercano de murciélago  del virus SARS-CoV-2.

 

En el ultimo párrafo, lxs autorxs desvelan sus intenciones:

"The existing diversity and dynamic process of recombination amongst lineages in the bat reservoir demonstrate how difficult it will be to identify viruses with potential to cause major human outbreaks before they emerge. This underscores the need for a global network of real-time human disease surveillance systems, such as that which identified the unusual cluster of pneumonia in Wuhan in December 2019, with the capacity to rapidly deploy genomic tools and functional studies for pathogen identification and characterization."

 

La diversidad existente y el proceso dinámico entre los linajes en el reservorio de murciélagos  demuestran lo difícil  que será identificar virus con potencial para causar grandes brotes en humanos antes de que emerjan. Esto remarca la necesidad de una red global de sistemas de vigilancia de enfermedades humanas, en tiempo real tal y como la que identificó  el brote de neumonía  en Wuhan en diciembre de 2019, con la capacidad de desplegar herramientas genómicas y estudios funcionales para identificación y caracterización de patógenos.

¿No suena esto a lo ya explicado en la sección principal?

PÓNGASE  LA EXCUSA DE PREVENIR EL PELIGRO DE UNA PANDEMIA CREANDO LOS RIESGOS PARA QUE ÉSTA APAREZCA... ES DECIR PRIMERO SE CREA EL PROBLEMA Y LUEGO SE OFRECE LA "SOLUCIÓN" QUE, COMO YA IREMOS VIENDO, OFRECE SUS PROPIOS RIESGOS Y PROBLEMAS.

 

 

Comentarios

06.09 | 02:08

matrix agroganadero, jajaja, toda la razóm. La natura siempre se organizó a si misma para todo lo que cayera al suelo se aprovechara.

...
01.08 | 12:49

Hola Carmen soy Antonia, quisiera me metas en el grupo de whatsapp con el 699769996 el frances lo he dado de baja.
Muchad Gracias.

...
12.10 | 09:31

Increíblemente interesante, voy a estudiarlo en detalle. Gracias.

...
20.09 | 08:50

También quería saber si es posible sembrar siempre lo mismo en el mismo bancal?

...
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